复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫生健康委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防、管为一体的综合性儿童专科医院，全国儿科学重点学科、国家“211”、“985”和“双一流”工程建设单位，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科）博士后流动站。
在中国医学科学院发布的中国医院科技量值排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，该院儿科学均位居前列。
复旦大学附属儿科医院拥有一批国家级重点学科和平台，包括：7个国家临床重点专科（新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理）；4个卫生部临床学科重点专业（新生儿、外科、心血管、传染病）；国家新生儿先天性心脏病筛查项目管理办公室；国家儿科专业医疗质量控制中心；国家高通量基因临床诊断基地；国家远程医疗与互联网医学中心儿科协同中心；国家卫生部新生儿疾病重点实验室；国家住院医生规范化培训重点专业基地（儿科）；国家新生儿特色保健专科基地。省部级级重点学科和平台有：上海市重中之重临床中心（儿科）；上海市儿科疾病临床医学中心；上海市重中之重重点学科（儿科、儿外科）；上海市医学重点学科（新生儿）：上海市小儿外科疑难重症临床医学中心、新生儿会诊抢救中心、新生儿先天性心脏病筛查诊治中心、遗传代谢病筛查诊治中心、听力筛查诊治中心；上海市医学领先专业（呼吸急救）；上海市公共卫生重点发展专业（小儿传染病）；上海市儿科临床质控中心、上海市新生儿临床质量控制中心、上海市新生儿先天性心脏病筛查质控指导中心；上海市出生缺陷防治重点实验室。
2021年，复旦大学附属儿科医院位列复旦大学医院管理研究所《中国医院及专科声誉排行榜》第50位。
